Ученые научно-исследовательского вычислительного центра и химического факультета МГУ в рамках Научно-образовательной школы МГУ «Молекулярные технологии живых систем и синтетическая биология» разработали программу NanoporeInspect – интерактивный веб-сервис для оценки качества лигирования в данных нанопорового секвенирования, контролирующий качество нанопорового секвенирования.
В последние нанопоровое секвенирование стало одним из самых перспективных методов анализа нуклеиновых кислот. Его главное преимущество — возможность считывать очень длинные цепочки ДНК и РНК, включая модифицированные основания. Это особенно важно для таких областей, как поиск аптамеров — коротких молекул ДНК или РНК, способных с высокой точностью связываться с конкретными мишенями и применяемых, например, в диагностике и биомедицине.
Однако у технологии есть и слабое место. Чтобы эксперимент удался, исследователям приходится «приклеивать» к исследуемым молекулам искусственные последовательности: адаптеры, праймеры и баркоды. Они выполняют роль служебных меток — помогают системе распознавать и различать образцы. Но если эти элементы присоединились неправильно, качество данных резко падает: библиотека становится «шумной», а часть ценной информации теряется.
До недавнего времени биологам приходилось работать практически вслепую: существующие инструменты контроля качества секвенирования почти не позволяли детально анализировать, насколько корректно сработала стадия лигирования (присоединения служебных последовательностей). Новая разработка ученых МГУ смогла решить эту проблему.
Более подробно читайте в источнике — на сайте МГУ имени М.В. Ломоносова
В последние нанопоровое секвенирование стало одним из самых перспективных методов анализа нуклеиновых кислот. Его главное преимущество — возможность считывать очень длинные цепочки ДНК и РНК, включая модифицированные основания. Это особенно важно для таких областей, как поиск аптамеров — коротких молекул ДНК или РНК, способных с высокой точностью связываться с конкретными мишенями и применяемых, например, в диагностике и биомедицине.
Однако у технологии есть и слабое место. Чтобы эксперимент удался, исследователям приходится «приклеивать» к исследуемым молекулам искусственные последовательности: адаптеры, праймеры и баркоды. Они выполняют роль служебных меток — помогают системе распознавать и различать образцы. Но если эти элементы присоединились неправильно, качество данных резко падает: библиотека становится «шумной», а часть ценной информации теряется.
До недавнего времени биологам приходилось работать практически вслепую: существующие инструменты контроля качества секвенирования почти не позволяли детально анализировать, насколько корректно сработала стадия лигирования (присоединения служебных последовательностей). Новая разработка ученых МГУ смогла решить эту проблему.
Более подробно читайте в источнике — на сайте МГУ имени М.В. Ломоносова